Сделать корректное удаление модулей

все решения связанніе с получением списка файлов уже реализованы - при установке любого модуля список файлов обрабатывается классом - https://github.com/sergejey/majordomo/blob/master/... . Возможно его надо и задействовать

Я вижу, что там разархивирование с опцией -v идёт. Чтобы куда то оно передавалось или записывались - не вижу.

вот тут читается содержимое папки = https://github.com/sergejey/majordomo/blob/master/.... Вот его и пристроить для создания файла

Странное решение, когда можно тупо лог распаковки с архиватора забрать. Так быстрее будет, и эффективнее (обращение к файловой системе гораздо дольше, чем обращение к текстовому массиву). Ну в целом да, можно и это использовать.

наверное даже отсюда проще потому что некоторые файлы не устанавливаются переменная $tree- https://github.com/sergejey/majordomo/blob/master/.... Вот разсадник всех оставшихся файлов....